Hầu hết lối chơi vẫn được giữ nguyên, nhưng nhà phát triển đã thực hiện một vài sửa đổi nhằm làm cuộc chơi thú vị hơn như thêm vào các bộ tộc thổ dân. Các bộ tộc đó đơn giản chỉ là dân cư sống tại một địa điểm nhỏ nào đó ở trên bản đồ, họ không xây dựng thành các quốc gia, nhưng người chơi có thể xâm chiếm hoặc thực hiện các mục đích khác như buôn bán. Trên chiến trường, tất cả các đơn vị đều có khả năng trở thành anh hùng (hero), khi được sử dụng thường xuyên đạt được điểm kinh nghiệm đến ngưỡng trở thành anh hùng thì sẽ được thưởng thêm vào chỉ số chiến đấu của mình hoặc làm tăng sức mạnh cho các đơn vị ở xung quanh.

Yếu tố quan trọng nhất trong game là các nhà hoạch định chiến sự giờ đây lại làm việc cho chính lực lượng của người chơi. Bộ phận này mới đầu được thiết kế để các liên quân cùng di chuyển đồng bộ, để người chơi có thể vẽ một mũi tên chỉ ra hướng tấn công, đồng thời đề nghị các đồng minh dựng một trục tấn công. The Art of Supremacy tập trung cải thiện lực lượng sắp đặt kế hoạch để người chơi có thể dễ dàng ra lệnh cho các đội quân theo cách này. Nếu có nhiều đội quân nhỏ, người chơi có thể sắp xếp đường đi nước bước của họ ngay trên bản đồ và ra lệnh tiến quân đồng thời, chứ không còn phải nhấn vào từng đội quân mà ra lệnh. Cách thức này sẽ khiến cho người chơi thực hiện cuộc tổng tiến công một cách hiệu quả.

Còn nếu không thích bất kỳ nền văn minh sẵn có nào, người chơi có thể tận dụng chức năng chỉnh sửa tùy theo ý thích. Người chơi tự do lựa chọn một cái tên và vùng lãnh thổ nào đó cho lực lượng mà mình thích, rồi chọn thuộc tính đặc trưng, ví dụ như bộ binh hạng nặng có thể làm tăng 10% máu cho các đơn vị quân. Sau đó, người chơi sẽ lựa ra 3 nhóm đặc nhiệm từ các đội quân đó và xác định cây công nghệ. Thậm chí trong game còn có cách thức tạo ra một loạt các thành phố và vùng lãnh thổ với cái tên mà người chơi tự đặt.

Ngoài ra game còn có thêm ý tưởng "vòng xoáy chiến tranh", theo đó người chơi sẽ lãnh đạo một đội quân để chiến đấu và tranh giành thế thượng phong đối với một địch thủ khác. Tuy nhiên, thay vì diễn ra trên một bản đồ, cơ chế "vòng xoáy" này được thể hiện trên 3, thậm chí chín bản đồ. Nếu thắng, người chơi sẽ đẩy lùi địch thủ còn nếu thua, đối phương sẽ đẩy người chơi về phía quê nhà hơn. Nhưng có một nguyên tắc là nếu căn cứ nơi quê nhà còn thì quân đội vẫn còn và do đó, địch thủ sẽ luôn dồn bước để tấn công cho đến khi chiếm được mới thôi.

Chơi mạng

Sự thay đổi có tầm ảnh hưởng mạnh mẽ ở trong chế độ chơi mạng của The Art of Supremacy. Một người chơi có quyền yêu cầu sự trung thành của một người khác, nếu chấp nhận, người kia sẽ trở thành chư hầu cho người yêu cầu và quân đội của chư hầu sẽ được người yêu cầu sử dụng khi cần thiết, còn ngược lại, sự từ chối sẽ dẫn đến khả năng dẫn đến một cuộc chiến xâm lược từ phía có lực lượng mạnh hơn và có ý đồ thôn tính, mà thường là người yêu cầu. Hai dạng chơi mới được đưa vào chế độ chơi mạng là Tug of War và Territory Hotspots. Với Tug of War, người chơi phải đẩy lùi tầm ảnh hưởng của người khác và đánh bại người đó, trong khi Territory Hotspots chủ yếu là thực hiện các nhiệm vụ tức thì do game đặt ra.

Khi không thích chiến dịch hay các trận đại chiến, người chơi có thể tận hưởng chế độ khởi động nhanh mới được thêm vào dành cho cơ chế nhiều người và giao tranh. Khởi động nhanh là cách bỏ qua phần xây dựng căn cứ và luyện quân. Trước đây, những yếu tố cơ bản này của game chiến thuật đã gây khó khăn cho chế độ chơi nhiều người. Còn bây giờ, người chơi sẽ nhận được một số điểm ngay từ khi mới bắt đầu để mua các đơn vị quân và nhà cửa để bắt đầu chặng đường binh nghiệp được nhanh chóng hơn. Hơn nữa, người chơi còn có thể tạo những mô hình cho khi mới bắt đầu và dùng đi dùng lại trong chế độ chơi nhiều người và giao tranh, nhưng mỗi mô hình tự chọn chỉ dùng cho một thời kỳ nào đó. Ví dụ: người chơi sẽ tạo được một lực lượng quân cổ đại khi mà trò chơi bắt đầu ở thời kỳ đồ đá, còn quân đội cơ giới thì sẽ dùng trong thời hiện đại.